孩子只能由未失踪的一方抚养。

一、孩子的抚养权如何更改？

孩子没有权利更改抚养权。只能由抚养的一方向法院申请变更抚养权。孩子在两周岁以下的，还处于幼儿期，可能需要母乳，一般是由女方抚养；孩子在两周岁以上的，以更有利于孩子身心健康成长为前提；孩子在八周岁以上的，需要征求孩子的意见和想法。法律规定一方如果有严重疾病、吸毒、家暴、虐待儿童等不利于孩子身心健康成长的，另一方要求变更孩子抚养权应给予支持。

二、婚内协议能约定孩子的抚养权吗

婚内协议能约定孩子的抚养权，但要符合法律的规定。法律对孩子的抚养权是这样规定的：对于未满2周岁的孩子，以由母亲直接抚养为原则，抚养权一般归母亲；对于已满2周岁的孩子，可以由父母协商处理，协商不成的，由人民法院进行判决，其中已满8周岁的孩子，应当尊重孩子的真实意愿。因此父母双方只能对已满2周岁的孩子，达成约定。