员工发生工伤单位要负担以下费用：治疗工伤期间的工资福利、五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴、终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金；如果单位未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。

在两个单位上班发生工伤如何处理

在两个单位上班发生工伤处理如下：

1、一个单位借调另一个单位的员工。在这种情况下，借调的员工只与原用人单位有劳动关系，职工只与原用人单位有劳动关系，原用人单位应当履行为职工缴纳工伤保险的义务。发生工伤时，原用人单位应当承担工伤保险责任。但原用人单位可与借调单位约定补偿办法；

2、员工同时在两个单位工作，即一个员工同时与两个用人单位保持劳动关系。两个单位应当为职工缴纳工伤保险费。职工发生工伤的，由职工受伤时工作的单位依法承担工伤保险责任。

《工伤保险条例》

第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：

（一）治疗工伤期间的工资福利；

（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；

（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。

第四十一条职工所在用人单位未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。用人单位不支付的，从工伤保险基金中先行支付。

从工伤保险基金中先行支付的工伤保险待遇应当由用人单位偿还。用人单位不偿还的，社会保险经办机构可以依照本法第六十三条的规定追偿。