商铺土地使用证的使用存在风险是：

（一）从法律角度来讲，房产证和土地证是房主拥有该房产以及土地使用权的证明，两者是密不可分的，没有土地证就意味着房主不具备对该土地的使用权，那么在该土地被人侵占的时候，业主将无法维护自己的合法权益；

（二）虽然房产证在自己手里，但土地使用权仍属于房地产开发商，我们不能排除开发商以该土地使用权“大证”像银行抵押贷款的风险；

（三）将来土地使用证和房产证不齐，不能上市进行二次交易；

（四）没有土地使用证，拆迁安置时，房主只能得到地上建筑部分的补偿，而得不到土地部分的补偿。最为关键的是，期限届满，不能申请自动延期。

商铺土地使用证到期怎么办

商铺土地使用证到期的办法是：根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，土地使用权届满可以提前一年提出续期申请。土地使用权出让最高年限按下列用途确定：

1．居住用地70年；

2．工业用地50年；

3．教育、科技、文化、卫生、体育用地年限为50年；

4．商业、旅游、娱乐用地40年；

5．仓储用地50年；

6．综合或者其他用地50年。

根据《土地管理法实施条例》规定，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。