专利保护是中药知识产权保护的最重要形式，中药知识产权涉及专利、商标、行政保护和商业秘密等多方面的问题。其中，专利保护是中药知识产权保护中最重要、最有效的形式，因为它不仅有利于引进国外专利新技术及其在现代化研究中的应用，同时也可以促进和保护我国中药自主研发的进程。目前，我国药品知识产权保护主要依靠行政立法。如1993年国务院颁布的《中药品种保护条例》，就是中药知识产权保护的重要形式。与专利保护相比，中药品种保护具有审批速度快、保密性强的特点。但在实践中，中药品种保护存在诸多缺陷，如：保护对象仅为中药品种，中药生产方法和专用设备不受保护；《药品管理条例》规定，企业享有的中药品种保护不具有专有权，同一品种的多个企业可以同时享有产权保护；中药品种保护也受到专利保护的阻碍中药品种保护，只有未申请专利保护的品种才能申请中药品种保护；同时，中药品种保护只是国内的一项行政保护措施，不符合国际惯例，缺乏战略保护功能。

根据国家知识产权局的数据，虽然近年来我国发明专利申请量逐年大幅增长，但中药发明专利申请量在1700件左右。同时，由于中药产品的专利申请要满足新颖性、创造性和实用性的要求，很多中药生产企业简单地申请专利并不容易。比如，自1993年以来，我国中药专利申请不断增加，但获批的却寥寥无几。造成这种状况的原因有很多：一是多种保护形式并存，专利保护制度难以推广；二是与中药有效成分现代提取纯化工艺相关的申请相对较少，特别是将有效成分提取成纯化合物并申请新的药理用途的专利；第三，许多中药方剂是众所周知的，没有新颖性。有些发明由于不能证明其药效，或者有些发明者不愿公开其技术内容，难以获得专利授权。由此可以看出，申请专利的研究人员必须有新的发明创造，即通过深入研究赋予中药功能新的科学内涵，只有有了新的发明创造才能有排他性；同时，申请专利也必须有创造性，改进后的新技术要与原有技术有本质区别，要有技术进步，当然申请的专利也要有实用性。中药物质行为基础研究是实现中药产权保护的最有效途径，是实现中药现代化的关键。同时，运用现代科学方法明确有效中药制剂的目标及相关物质基础，也是获得知识产权、提高中药产品技术壁垒的重要保障。因此，研究中药的物质基础，对保护中药知识产权具有重要意义。