运输合同纠纷的管辖原则如下：

1、如果使用单一的运输工具，管辖法院将根据不同的运输工具确定。如果使用水运，由海事法院管辖，铁路运输由铁路运输法院管辖；

2、联合运输的，根据具体情况，与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖；

3、在联合运输中，如果同时有水运和铁路运输，法律没有具体规定如何确定管辖法院。在这种情况下，当事人可以选择法院管辖。

根据《中华人民共和国民法典》的规定，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行义务，不得擅自变更或者解除合同。依法成立的合同受法律保护。

如何判定运输合同纠纷的管辖法院

首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权；如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。

《中华人民共和国民法典》第四百六十五条依法成立的合同，受法律保护。

依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。