1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民。2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高。4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。

农村合作医疗和社保本身没有什么区别

农村合作医疗：由国家政策牵头，并由当地的政府组织、引导的一种医疗保障体系，资金一般由政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费的形式，以建立最基本的社会保障形式。

社保：指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险，是一种社会性的一种福利保障制度。

区别：1参保对象不同．农村合作医疗保险的参保对象是农村户口的农村居民，且通常情况下为资源缴纳。社保参保对象为在职职工或城镇居民，如果为在职职工，则是社会强制保险，必须缴纳。

2享受待遇不同．农村合作医疗：是在农村必须是农村户口才能参加新农合，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合。

社保：是覆盖所有单位和职工的，参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受。

3．保障力度不同．新农合：基金由于是多方筹资的关系，所以在保障力度上还稍稍欠缺了点。社保：实行“低水平、广覆盖”的特点，因此一经参保，标准都是统一享受的。

4．缴费方式不同．新农合：个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地标准不一，每年都会在特定的时间收取费用。

二者不能同时使用。

《中华人民共和国社会保险法》

第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。

第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。