船舶抵押合同设定抵押权所担保的不是一般债权，往往会产生对抗第三人的问题，这决定了船舶抵押权与民法抵押权一样，必须履行公示程序，以避免可能给善意第三人带来的不公。民法中的物权公示程序表现为动产的占有和不动产的登记，船舶抵押权则需履行登记的公示程序，此为设定船舶抵押权的形式要件。登记首先具有公示某船舶已设定抵押权的作用，船舶一经抵押权登记，船舶所有人在未经抵押权人同意时不能就该船舶进行转让处分，不能在同一价值内再作二次抵押等。各国对船舶抵押权登记的效力作用存在不同的认定，有些国家将抵押权登记作为船舶抵押合同生效的要件，即未经登记的船舶抵押合同不发生法律效力，如果主债务人未依借贷合同履行其还贷义务时，主债务人或第三人未经登记的抵押船舶不能成为贷款债权人实现其债权的担保标的物，抵押合同的登记生效对债权人是不利的。还有一些国家则将船舶抵押合同登记规定为船舶抵押权的对抗要件而非生效要件，其效力范围实际是有限的，未经登记的船舶抵押合同只在双方当事人间发生法律效力，当事人自愿履行的，对双方权益没有什么不利影响，例如，贷款人(抵押权人)可依据船舶抵押合同行使其对抵押船舶的权利;但由该抵押合同产生的船舶抵押权不具有对抗第三人的效力，如果有人对该抵押船舶主张权利，贷款人则不具有以该未经登记的抵押权抗辩第三人的法律依据。我国《海商法》也采用了这种抵押合同书面成立、登记对抗的立法态度，即明确了船舶抵押权未经登记的，不得对抗第三人。将登记作为船舶抵押权对抗要件对债务人及第三人较公平，且又保护了债权人的利益。

在我国，船舶抵押权登记需抵押权人和抵押人共同到船舶登记机关，即到被抵押船舶船籍港所在地的港务监督机构去办理。依《海商法》第13条、《船舶登记条例》第6条、第21至24条之规定，对20总吨以上的船舶设定抵押权的，其登记程序如下：

（1）提交由双方签字的书面登记申请书;

（2）提交有关的文件，包括船舶所有权登记证书、船舶抵押合同，船舶上设有其他抵押权的应提供有关证明文件;共有船舶设定抵押权的应提供2/3以上份额或约定份额的共有人同意抵押的证明文件;建造中船舶设定抵押权的应提交船舶建造合同等。

（3）登记机关审查，船藉港的港务监督机构收到上述文件后应予以审查，对符合《船舶登记条例》规定的，在收到申请之日起7日内准予登记，并将有关抵押人、抵押权人和船舶抵押情况以及抵押登记日期载入船舶登记簿和船舶所有权登记证书内，并向抵押权人核发船舶抵押登记证书。船舶抵押权登记，主要载明下列事项：抵押权人和抵押人的姓名或名称、地址;被抵押船舶的名称、国籍、船舶登记证书的颁发机关和号码;所担保的债权额、利息率、受偿期限。同一船舶如设有两个以上抵押权的，登记机关应按照抵押权登记申请日期的先后顺序进行登记，并在船舶登记簿上载明登记日期。登记申请日期通常即为登记日期，同日申请的，登记日期相同。船舶登记事项是公开的，公众可以到登记机关自由查询某船舶上所设船舶抵押权的有关情况。