国家税务局系统（中央税务机构）共设四级，即：国家税务总局（正部级）；省、自治区、直辖市国家税务局（正厅级）；地、市、州、盟国家税务局（正处级）；县、市、区、旗国家税务局（正科级）、县级国家税务局以下税务所（分局）、征收处按经济区划设置，为县级局的派出机构。国家税务局系统实行国家税务总局垂直管理的领导体制，在机构、编制、领导干部、经费等方面按照下管一级的原则，实行垂直管理。各级国家税务局正、副局长由上一级国家税务局任免（计划单列市副局长由省局任免）。

国家税务局系统负责征收管理的税种主要有：增值税，消费税，进口货物增值税、消费税，铁道、各银行总行、保险总公司等集中纳税部门在京集中缴纳的营业税、所得税和城市维护建设税，中央企业所得税，地方金融企业所得税，海洋石油企业所得税、资源税，证券交易税（开征前为对证券交易征收的印花税），外商投资企业和外国企业所得税，出口货物退税，中央税和共享税的滞纳金、罚款收入等。