购房合同的补充协议不合理可以撤销。购房合同补充协议签订后，如有不公平条件，可与对方协商变更合同内容。对方不同意变更的，仍按合同条款执行。如果是一种重大误解，在订立合同时明显不公平或者对方通过欺诈、胁迫或者利用他人的危险，违真实意义订立的合同，有权要求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销合同。

合同与补充协议的区别

合同和补充协议的区别是：已经存在的合同是主合同，补充协议是从合同。补充协议的内容应当是主合同的非主要内容，也可以说是非主要条款。如果是主合同的主要条款没有约定或者约定不明确的，主合同不成立，也就不存在“协议补充”。《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。第四百六十四条规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。

《中华人民共和国民法典》第一百四十七条基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。