1、程序启动。在法庭调查过程中，被告人有权提出其审判前供述是非法取得的意见，并提供相关线索或者证据。

2、法庭初步审查。程序启动后，法庭应当进行审查。合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查；对供述取得的合法性有疑问的，则由公诉人对取证的合法性举证。

3、控方证明。公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。

4、双方质证。公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述的取得是否合法的问题进行质证、辩论。

5、法庭处理。法庭对被告人审判前供述的合法性问题作出裁定：如公诉人的证明达到确实、充分的程度，能够排除被告人审判前供述属非法取得的，法庭确认该供述的合法性，准许当庭宣读、质证；否则，法庭对该供述予以排除，不作为定案的根据。

法律依据：

《关于办理刑事案件严格排除非法证据若干问题的规定》

第十七条：审查逮捕、审查起诉期间，犯罪嫌疑人及其辩护人申请排除非法证据，并提供相关线索或者材料的，人民检察院应当调查核实。调查结论应当书面告知犯罪嫌疑人及其辩护人。

人民检察院在审查起诉期间发现侦查人员以刑讯逼供等非法方法收集证据的，应当依法排除相关证据并提出纠正意见，必要时人民检察院可以自行调查取证。

人民检察院对审查认定的非法证据，应当予以排除，不得作为批准或者决定逮捕、提起公诉的根据。被排除的非法证据应当随案移送，并写明为依法排除的非法证据。

第十八条：人民检察院依法排除非法证据后，证据不足，不符合逮捕、起诉条件的，不得批准或者决定逮捕、提起公诉。

对于人民检察院排除有关证据导致对涉嫌的重要犯罪事实未予认定，从而作出不批准逮捕、不起诉决定，或者对涉嫌的部分重要犯罪事实决定不起诉的，公安机关、国家安全机关可要求复议、提请复核。

一、如何更有效地申请排除非法证据

刑讯逼供一直是冤案的重要原因，它的危害并不仅仅是遭受暴力时身体所承受的痛苦，更大的危害在于被取证之后可能要承受的罪名和牢狱之灾。以往，对刑讯逼供的处罚，只能以刑讯逼供罪追究办案人员的刑事责任；而认定犯罪事实的标准是证据确实、充分，在地位不对等、司法人员有所偏袒的情况下，遭受刑讯的嫌疑人很难证实自己被刑讯这个事实。要想更有效地申请排除非法证据，要注意：

1、提出申请的时机：在签收《起诉书》或开庭审理时；

2、提出申请的内容：有针对性地提供相应内容；

3、找个好律师：在他会见你的时候，你就把自己被刑讯这事告诉他，把可供调查的线索告诉他，让他去进行调查，有利于排除非法证据。

2012年《刑事诉讼法》修订后，增加了排除非法证据的程序内容，这一程序最大的优势在于，不需要嫌疑人证明被刑讯这个事实，只需要证明可能存在刑讯。这就大大减弱了遭受刑讯的人需要承担的举证责任，他们不需要提出确切的依据来证明一个事实，只需要提出可供调查的线索来证明一种可能。