法院认为检察院证据不足的处理：1、如果案件的犯罪事实不清楚的、犯罪证据不充分的，作出无罪的判决；2、依据法律的规定认定犯罪嫌疑人无罪的，作出无罪的判决；3、案件犯罪事实清楚、犯罪证据充分的，认定犯罪嫌疑人有罪的，作出有罪的判决。证据必须要达到确实、充分的，才可以认定被告人有罪和处以刑罚。

证据不足检察院会起诉吗

在刑事案件中证明犯罪嫌疑人有罪的证据不足，人民检察院是不会起诉的，一般会撤回案件或者将案件退回进行补充侦查。根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。

《刑事诉讼法》第二百条在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。