宅基地纠纷法院不立案只能协商解决。人民法院受理民事案件有一定的主管范围，超出主管范围，人民法院即没有审判权。对当事人之间因宅基地而引发的纠纷，只要一方当事人提出争议，双方宅基地使用证存在着界限不明确或者界限重合，或者双方均无宅基地使用证的情形就属于权属不清，双方协商不成，必须由人民政府处理，由政府做出确权决定。

发生宅基地纠纷怎么解决

1、协商解决

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。

2、行政解决

个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。

3、司法解决

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。

《中华人民共和国土地管理法》第十四条第一款规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。