在目前已经进行的银行并购重组的过程中也表现出许多问题，需要重点解决。包括如下方面：

(1)我国银行业组织体系的结构性缺陷制约了银行业的重组;加之银行产权基础和法人治理结构的不尽完善，银行的信息披露制度刚刚实施，信息透明度远远达不到资本市场的要求，造成银行间的重组只能局限在一定的范围内，约束了重组效率。

(2)银行价值评估问题：对银行价值评估，既是银行进行兼并重组、确立目标的基础，也是机构实现其自身价值的重要途径。并购重组交易最终能获得成功，与目标公司的正确定价起着至关重要的作用。必须在充分理解银行并购重组的战略意图的基础上，借助多种价值评估模型，运用大量的专业技术和理性的判断来预测收购行为之后机构的发展前景，为决策者提供决策依据。但是目前我国还没有成型的通用的银行价值评估工具，但是理论界以及相关课题研究组已开展了对这项工作的研究。

(3)银行发展战略趋同，没有形成有效互补的市场空间，银行业重组战略利益不显著。银行业重组的核心是优势互补，实现经营资源、管理能力、市场结构等多方面的优化配置。

(4)银行并购重组配套的法律不健全。目前没有对银行开展并购重组所适应的法律问题，只有在《公司法》和《破产法》中有少量规定，但是在具体的操作上没有成文的法律体系可以依照，不能有效解决目前并购重组涉及的关于资产收购、购买股权、合并重组等方面的具体事项。

(5)我国银行业进行重组并购对我国的分业监管提出了严峻的挑战。因此如何使金融监管模式适应混业经营的发展趋势是迫切需要解决的问题。

(6)中小商业银行民营化的风险与控制问题：发展中小商业银行的趋势是使银行向民营化方向发展。但是民营经济的脆弱性使得已经属于高风险行业的银行业更是雪上加霜。因此，在发展银行民营化的进程中需要以安全性为基础，吸收的核心股东应是在地方经济中发挥骨干和支柱作用的企业，并且配合完善的监管措施。此外现在有很多民营控股集团为了达到对银行的控股目的，选择多家主体进行汝股，变相分散持股从而达到控股的目的，为防止绝对控股，有采取一定措施限制股权比例，使民营企业的数量不能过于集中。

相信随着我国银行业改革步伐地加快，并购重组地不断深入，现代金融企业制度地建立，我国的银行业将以崭新的面貌迎接来自本土和国外的金融竞争，更好地为国民经济服务，充分发挥现代经济地核心作用，全面提高我国金融业素质和竞争力。