集体土地使用证的办理程序如下：1、土地登记申请人持有关土地权属来源证明相关材料，向国土资源局提出申请。2、对土地登记申请人的土地采取实地调查、核实、测量、绘制宗地草图及红线图。查清土地的位置、权属性质、界线、面积、用途及土地使用者的有关情况。并要求宗地四至邻居界线清楚，无争议，确认后签字盖章。3、土地登记机关对土地使用者提交的土地登记申请书、权属来源材料和地籍调查结果进行审核，决定对申请土地登记的使用者土地权属是否准予登记的法律程序；4、颁发土地使用权证书。

农村集体土地使用证变更

农村集体土地使用证变更流程如下：

向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出变更登记申请；

提交材料；

审核材料；

审核通过后，登记造册，核发集体土地使用权证书。

根据《土地管理法实施条例》第六条第一款的规定，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。

《中华人民共和国土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。