行为人的行为构成擅自改变武器装备编配用途罪既遂，造成严重后果的，法院会对其判处三年以下有期徒刑或者拘役；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。

武器装备肇事罪主要是在武器装备的操作使用过程中发生的，行为人主要是武器装备的操作使用人员；而擅自改变武器装备编配用途罪则主要是在武器装备的管理过程中发生的，行为人主要是武器装备的管理人员而不是操作使用人员。如果武器装备的操作使用人员违反武器装备的管理规定，擅自改变武器装备的编配用途，造成严重后果的，也应以擅自改变武器装备编配用途罪论处，而不宜定为武器装备肇事罪。

《刑法》第四百三十七条

违反武器装备管理规定，擅自改变武器装备的编配用途，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。