在公司合并中保护股东的利益，不仅要赋予股东充分的权利，而且要在股东权益已经受到侵害时作出事后的司法救济。在美国，事后的司法救济分为直接诉讼(DirectAction)和派生诉讼(DerivativeAction)。

(一)直接诉讼

直接诉讼是指股东作为股份持有者，为实现股东所享有的请求权而提起的诉讼。在公司合并中，由于董事或控制股东违反诚信义务，合并方案、合并价格侵害了中小股东的利益，或者在整个交易中违反了法律法规和章程的规定，股东可以通过直接诉讼要求撤销合并决议、确认合并无效或要求提起损害赔偿之诉。

1、撤销之诉和确认无效之诉

当股东大会形成的合并决议有瑕疵时，小股东可以向法院提起撤销合并决议的诉讼。撤销之诉主要因股东大会的决议在程序形式等方面不符合法律法规及公司章程的规定而提起的，只要决议有瑕疵，任何一个股东都有权提出撤销合并协议的诉讼。在合并决议有严重瑕疵的情况下，小股东可以提出确认合并无效之诉。所谓严重瑕疵，是合并协议在内容上违反了法律法规和公司章程的规定，比如违反了股东保护的平等原则、大股东滥用表决权严重损害小股东的利益等。

我国《公司法》第111条规定是股东可以提起撤销合并协议之诉和确认合并无效之诉的法律依据，但我国法律却没有股东提起撤销之诉和无效之诉的程序性规定。在公司合并中，反对合并的股东很难证明股东大会通过的合并协议侵害了他们的合法权益，同时法院也很难找到确定股东大会决议侵害股东合法权益的标准。因缺乏实际可操作性的依据，法院真正介入合并协议撤销和无效的情况几乎没有。而且第111条规定本身也有缺陷，它规定股东可以提起诉讼的原因过于狭窄，仅在股东会和董事会的决议违反法律和行政法规而侵害了股东合法权益的情况下股东方可提起诉讼，对于实际中普遍存在的股东会和董事会违反章程规定、以公司利益为直接侵害对象的侵权行为的现象，股东提起诉讼的权利难以寻求法律的保障。

2、损害赔偿给付之诉

当大股东违反对小股东的义务转让股份，进行不适行为时，应承担赔偿损失的责任，小股东在提起撤销合并协议或确认合并无效的同时，还可以提出损害赔偿之诉。

《公司法》第63条规定了董事、监事和经理执行公司职务时违反法律、行政法规和公司章程时给公司造成损害的应承担赔偿责任，但该条规定只明确了对公司造成损害应对公司承担赔偿责任，未明确是否对股东承担赔偿损失责任。在最高人民法院2002年1月15日发布的《关于受理证券市场因虚假陈述引发的民事侵权纠纷案件有关问题的通知》中，明确了股东的民事赔偿给付之诉。但该通知的规定是明显不利于中小股东诉讼的：如该通知只适用于上市公司的股东，关于级别管辖、地域管辖的规定及法院受理的前置程序的规定，损失产生原因限于虚假陈述等，并且通知的效力级别低。因而我国关于股东提起的损害赔偿之诉尚待完善。