申请工伤认定后不予认定为工伤，那么员工是可以使用医保卡报销费用的。

《社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。

社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：

（一）应当从工伤保险基金中支付的；

（二）应当由第三人负担的；

（三）应当由公共卫生负担的；

（四）在境外就医的。

医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。

一、工伤认定费用由谁付

劳动行政部门受理工伤认定申请之日前的工伤待遇的费用，应当由用人单位支付。单位没有参加工伤保险，认定了职工的所有费用都由用人单位支付。《工伤保险条例》第十七条第四款还规定“用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请的，在此期间发生符合本《工伤保险条例》规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担”。

二、工伤认定怎么查询进度

1、电话查询：拨打当地社保局工伤业务窗口的电话，告诉工作人员你的名字、身份证号码，请工作人员帮你查一下。可能会存在电话无人接听的情况，这是工作人员外出调查工伤去了，你可以换一个时间段进行电话咨询。

2、网络查询：通过当地行政管理中心的网站，查询自己的办事进度，工伤认定的审核在有受理后60日内作出，如果一时查不到信息也不要着急。

3、查询到工作认定已经作出的时候，当事人可凭身份证前去领取工伤认定书，经办人则需要当事的委托书及单位的委托书，才能领取当事人和单位的工作认定决定书。