1、合同的有效性问题

工程款的取得首先要解决合同的有效性问题，由于目前建筑市场中普遍存在挂靠、借用资质的现象，因此这些都会导致施工合同的无效，贵公司作为施工单位，还有就是是否存在转包、违法分包的情况，这些都会导致合同本身的无效，但是即使存在合同无效，如果建设单位没有提出合同无效的抗辩或者工程质量合格，你还是可以参照施工合同取得工程价款。

2、合同的相对行问题

由于目前挂靠、借用资质以及转包情况较多，如果你们要提出工程款请求，必须和业主存在直接的合同关系或者有有效的授权委托，否则业主有权拒绝付款。

3、工程结算方式及数额的问题

程款结算是施工企业工程款清欠的核心环节，也是发承包双方的争议焦点。施工合同价款确定有三种方式，即固定价格合同、可调价格合同和成本加酬金合同。不知道你们的合同属于何种情况，根据我的经验，目前较多使用的是采用可调价格合同。如果是这类合同，就存在工程结算数额特别是工程洽商变更确定的问题，如果双方对于工程结算已经有文件则按照该文件执行，如果存在争议则可申请司法鉴定，按照鉴定结果给付款项。

4、开发商业主违约导致的违约责任问题

如果双方合同对此没有特别规定，那么对于拖欠的工程款可以按照同期同类贷款利率计息。工程款拖欠利息从应付工程款之日开始计算，当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：

(一)建设工程已实际交付的，为交付之日；

(二)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；

(三)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。

5、诉讼时效问题

工程款超过诉讼时效，施工企业将丧失胜诉权，对方可以此为由拒付工程款。工程款追索的诉讼时效一般为2年，从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。如果主张预付款或进度款，则从合同约定的应付款之日起算；如果主张结算款，则从结算完成后的约定付款之日起算。工程款追索的诉讼时效为2年，这是一般原则，特殊情况下诉讼时效可以延长。

6、对于施工单位的特殊保护问题

建设工程价款优受偿权从竣工之日(已完工工程)或约定竣工之日(在建工程烂尾)起必须在6个月内行使，且不得对抗已付清大部分房款的消费者。因此，当发包方出现财务危机，诉讼难以避免时，施工企业应当在竣工后6个月内及早向发包方催促工程款，否则过了6个月以后，工程款优先于银行抵押权的权利就不复存在，施工企业很有可能打赢了官司拿不到钱。