配偶的房产若为合法财产，则不会被没收。

在司法实践中很多涉及到经济的犯罪是需要执行财产刑的，例如处罚金、没收财产等，而没收财产是有一定限制的，只能对犯罪分子的财产进行没收，与案件无关的财产是不能没收的。

依据《刑法》的规定，没收财产只能是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部，而对于犯罪分子配偶的房产是不能没收的，犯罪分子配偶的财产是归配偶所有的，我国公民合法的财产是受法律保护的。

法院执行没收财产处罚时要注意的问题：

1、没收财产的范围。只能没收法院判决的财产，一般的情况下是犯罪分子个人的财产。

2、没收财产时要注意保留犯罪分子和被扶养人的生活所需，例如唯一的房屋是不能没收的。

3、如果犯罪分子要负有合法债务的情况下，在债权人提出偿还债务请求的，犯罪分子的财产应该优先偿还债务，偿还债务后的财产再进行没收。

通过上述的分析，犯罪分子配偶的房产如果是通过合法的方式取得的，是受法律保护的，法院判处没收财产的情况下，不能没收犯罪分子配偶的房屋。