1.国际法领土主权原则的内在要求。根据国际法的领土主权原则，国家领土的一个重要特征就是排他性，因而在国家领土主权问题上，相互尊重主权和领土完整这一国际法重要原则首先表现为一国领土之内不允许存在他国领土。一国的内水、领海等都属于沿海国领土主权的范围。沿海国、港口国对内水、港口享有完全、排他的国家主权，因此，外国船舶和船员只有经沿海国允许才可以进入，否则将被视为对沿海国领土的侵犯。只有为了躲避海上风险而进入一国内水并遵守沿海国所有管理规定的，一般无需征得沿海国同意可直接驶入其内水。故船舶一旦进人别国内水或港口，即受沿海国、港口国的法律约束和管辖，沿海国对经其允许驶入内水或港口的外国船舶和船员享有根据领土主权原则进行属地管辖的权力。

2.国际习惯和判例的惯常做法。沿海国、港口国对于外籍船舶的管辖问题上往往容易与船旗国的管辖权产生一定冲突。从世界范围来看，对该问题有不同的处理方法。

主流的解决方式是：“第一，对于纯属船舶内部纪律的事务，沿海国通常不加干预，而交由船旗国按照该国的法律管辖。第二，如果发生在船上的海员犯罪没有影响到港口的和平与安宁或其居民，除非经船长或船旗国代表请求，沿海国一般也不行使管辖权，而交由船旗国管辖。第三，即使犯罪仅涉及船员，并不涉及船舶以外的人，事实上并不扰乱当地和平和安宁，如果罪行是严重的(如杀人罪)，那么，沿海国、港口国也有管辖权。第四，在任何情况下，对船舶上的犯罪是否进行管辖，由沿海国当局决定。”

3.国际条约、双边条约的规定主张。沿海国不应在通过领海的外国船舶上行使刑事管辖权，领海国不得对该船舶上的人和事实施刑事调查，但不影响沿海国对从本国内水驶向领海的外国船舶实施刑事调查的权力。