当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

一、主合同与补充合同

主合同与补充合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充合同的编号往往是以主合同为依托而表达的，如＿＿号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。

因为有了补充合同这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。

二、合同内涵

（1）信守合同，不擅自毁约的约束力（本文称之为合同的成立效力）；

（2）履行合同，不违约的约束力（本文称之为合同的履行效力）。这两层涵义相互联系，统一于有效合同之中，同时存在于合同有效状态之下。后者以前者为前提，当事人失去任一约束，都不利于合同目的的实现。同时，这两方面的约束力又有区别的必要，并非同时存在于任一合同效力状态之下。在合同无效的状态下，二者均不存在；在合同未生效的状态下，二者产生分离，只存在合同的成立效力，没有合同的履行效力。合同效力涵义的这种二重性不仅是合同本身的内在要求，也符合国家法律的价值要求。一方面，合同行为过程本身就包括缔结合同与履行合同两个密切联系又相互独立的阶段，并且各阶段的信用要求不同。