税务稽查实施阶段是税务稽查工作的核心和关键环节。税务稽查必须依照法律规定权限实施。税务稽查人员在实施稽查之前，除另有规定之外，应当提前以书面形式通知被查对象，向被查对象下达《税务稽查通知书》，并由收件人填写送达回证。但有下列情况不必事先通知：

(1)公民举报有税收违法行为的。

(2)税务机关有根据认为纳税人有税收违法行为的。

(3)预先通知有碍检查的。

税务稽查人员实施稽查时必须由两人以上组成小组，并出示《税务检查证》。税务人员在实施税务稽查时可以根据需要和法定程序采取询问、调取账簿资料、实地稽查、账外调查和异地协查等方式进行。

税务稽查人员在查账时，需调取纳税人、扣缴义务人的账簿凭证等有关资料时，应由分管领导签发《调取账簿资料通知书》，调取时应按规定开具《调取账簿资料清单》，并在3个月内完整归还。

税务稽查人员在查账过程中，应填制《税务稽查底稿》，逐笔如实记录稽查中发现的问题及所涉及的账户、记账凭证、金额等细节，全面反映此项稽查工作的情况，查账结束后，应将《税务稽查整理稿》交由被查对象逐栏核对认可，证明无误后签字或盖章。

税务机关在实施稽查过程中，对有逃避纳税义务行为的纳税人，可采取税收保全措施：限期缴纳税款;提供纳税担保;通知纳税人开户银行或者其他金融机构冻结纳税人的相当于应纳税款的存款金额;扣押、查封纳税人的价值相当于应纳税款的商品、货物或者其他财产;阻止出境等。

税务稽查实施终结，税务稽查人员应当认真整理检查资料，归集相关证据，计算补退税款，分析检查结果，提出处理意见，并根据立案查处、未经立案查处以及稽查中发现的问题等不同情况，决定实行一般工作程序或简易工作程序，并分别制作《税务稽查报告》、《税务处理决定书》或《税务稽查结论》。