宅基地纠纷该找乡镇人民政府部门。双方当事人可以通过协商解决或由乡镇人民政府作出处理决定，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁，当事人对处理决定、仲裁结果不服的可以向辖区人民法院起诉。

调解宅基地纠纷司法调解程序

1、向县级以上人民政府土地管理部门或者乡级人民政府提出书面申请；

2、双方当事人出示举证的材料和依据；

3、工作人员现场调查材料和取证；

4、组织双方当事人进行调解，制作书面调解书；

5、调解未达成协议的，或者调节书送达前一方或者双方反悔的，土地管理部门及时提出处理意见，报人民政府错处处理决定。

《土地管理法》第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。