起诉离婚时，两个孩子的抚养权一般会一边一个，分别判给父母两方。首先看两个孩子年龄，未满两周岁的子女一般抚养权判给母亲，已满两周岁的子女，法院会根据父母双方的具体情况作出最有利于未成年子女的抚养权判决，如果孩子已满八周岁，法院还应该尊重其真实意愿作出判决。当发生抚养权变更事项时，还可以变更抚养权。

哺乳期起诉离婚两个孩子怎么分

哺乳期起诉离婚两个孩子抚养权的分配根据具体情况而定。对于哺乳期离婚的孩子一般归女方直接抚养，但是女方有不利于孩子身心健康成长情形的除外。法律规定不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。如果父母双方协议孩子由父亲直接抚养，并对子女健康成长无不利影响的，法院是会予以支持的。双可以先协议处理，协议不成的由法院判决。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。