部门不是独立的法人，不具备法人资格，对外签署文件显然是不可能有同等的法律效力的，对外具有法律效力的是公司公章。公司公章是公司处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式信函、文件、报告使用公章，盖了公章的文件具有法律效力。公章由公司的法定代表人执掌，法定代表人如果把法定代表人章与公章一同使用就代表公司行为。

如果对方承认并且守约的，当然是没问题的。但如果对方违约，而公司不承认，可能会一定麻烦，但如果有证据证明合同已由他们公司实际履行的话也可以。如果是刚签定最好还是叫他们盖公章或法定代表人或经公司授权的签字确认。否则，可能会说不清楚引发纠纷。

律师补充：

公司印章使用范围有:

1.凡属以公司名义对外发文、开具介绍信、报送报表等一律加盖公司公章；

2.凡属部门业务范围内的加盖部门章；

3.凡属合同类的用合同专用章；

4.凡属财务会计业务的用财务专用章。

任何单位公章的使用，必须严格遵守领导批准制度。即每次使用单位公章都必须由单位法定代表人批准同意，若单位法定代表人外出或因其他重要任务不能批准使用，也必须由单位法定代表人授权副职等合适人员批准使用。具体经管人员不得擅自使用单位公章办理任何事情。

【法律法规】：

《中华人民共和国民法典》第四百九十条

当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。

法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。