农村低保户不需要缴纳农村合作医疗费用。低保户本身属于弱势群体，是享受国家最低生活保障的，此类人群需要依靠国家补助来维持基本生活，因此低保户是免除农村合作医疗缴费的。农村合作医疗一般指新型农村合作医疗，主要是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。

一、社保和合作医疗存在的区别是什么

社会保障与合作医疗的区别是：

1、农村合作医疗是由国家政策牵头，并由当地的政府组织、引导的一种医疗保障体系，资金一般由政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费的形式，以建立最基本的社会保障形式。社保指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险，一般指为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性的一种福利保障制度。

2、农村合作医疗必须是农村户口才能参加新农合，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合。社保是覆盖所有单位和职工的，参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受。

3、农村合作医疗的基金由于是多方筹资的关系，所以在保障力度上还稍稍欠缺了点。社保实行“低水平、广覆盖”的特点，因此一经参保，标准都是统一享受的。

4、农村合作医疗是个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地标准不一，每年都会在特定的时间收取费用。社保分两种，一种是城镇职工社保，即单位和个人各承担一部分；一种是城镇居民社保，自己承担全部费用。

二、不交社保可以转入新农合吗

社保是国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度。新农合是新型农村合作医疗的简称，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。社保和新农合没有任何关系，所以交社保不存在必须停交新农合的问题。