医院部门承包合同是否有效，取决于合同当事人是否具有民事行为能力，意思是真实，违反法律、行政法规的强制性规定，不违反公序良俗。《民法典》第一百四十三条【民事法律行为有效条件】具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思律、行政法规的强制性规定，不违反公序良俗。

民法典医院科室承包合同是否有效

签订医疗科室承包合同时，当事人有民事行为能力，是真实意思表示，不违反法律强制性规定和公序良俗的，具有法律效力。

《中华人民共和国民法典》

第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

《民法典》第一百四十三条