当股权交易各方签订股权转让协议并完成股权转让交易后，向企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权转让变更登记手续。

股权交易各方已签订股权转让协议但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。

个人转让股权的应纳税所得额为转让股权的收入额减除股权原值和合理费用后的余额，应纳税所得额乘以20%的税率即为个人应当缴纳的个人所得税数额，其计算公式为：股权转让应缴纳的个人所得税=（股权转让收入-取得股权所支付的金额-转让过程中所支付的相关合理费用）×20%.个人转让股权所得税按照公平交易价格计算并确定计税依据。如有下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：

1、申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；

2、申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；

3、申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；

4、申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；5.经主管税务机关认定的其他情形。

在这种情况下，主管税务机关可采用以下方法核定：

（1）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实；

（2）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入；

（3）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入；

（4）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。