保护改制企业小股东合法权益的方法，具体如下：

1、在法律的强制性规定下，可以在章程中制定更严格的规定，以限制大股东的行为；

2、法律规定的股东权利义务等相对简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性；

3、建立公司财务、政务公开制度；

4、赋予普通股东更多的知情权和调查权。

《中华人民共和国公司法》规定，一人有限责任公司章程由股东制定。

保护小股东权益的方法有哪些

保护小股东权益的方法具体如下：

1、完善股东的知情权，询问董事和监事的权利，强制控股股东披露其与公司关联交易的相关信息，使小股东能够监督其；

2、强化董事的义务和责任，规定董事不履行义务的救济措施，董事在执行职务过程中故意损害小股东权益，对小股东承担赔偿责任；

3、强化经理等高级管理人员的义务和责任，规定经理不履行维护小股东权益义务的救济措施。

《中华人民共和国公司法》第六十条一人有限责任公司章程由股东制定。

《中华人民共和国公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。

公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。

公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。