由于电子支付的技术性、网络的虚拟性和电子支付过程中的复杂性等原因，使得电子支付中消费者权益保护面临极大的挑战：

1.消费者交易安全难以得到保障。电子商务中，消费者要通过电子支付方式完成交易，这就要求消费者必须拥有电子账户。由于电子商务是建立在互联网络平台上的虚拟空间中的商务活动，交易的当事人可能处在不同的地区，大家互相不直接见面，只是通过电子网上银行来进行交易，这就给一些网络黑客通过侵入系统，修改消费者的账户，划走账上资金提供了可乘之机。

2.消费者的知情权难以保障。我国《消费者权益保护法》第八条规定：“消费者享有知悉其购买、使用的商品或者接受的服务的真实情况的权利。”但消费者知情权的实现，是与传统购物方式中的一系列环节相配套的。传统的商务活动中，当事人是通过“面对面”的形式完成的，消费者能够比较容易地判断经营者所提供信息的真实性。电子商务则是通过虚拟的网络来完成，除了送货之外，消费者和经营者并不见面，使得消费者对商品的价格、产地、生产者、用途、服务的内容、规格、费用等有关情况的了解仅仅是一种虚拟化的了解;这就容易导致经营者故意夸大产品性能和功效、提供虚假价格、实施虚假服务承诺。

3.网络消费者的隐私权容易被侵犯。电子商务为经营者提供了成本低廉的广告方式，经营者为了最大限度地获得利润，往往利用互联网的强大的信息整理和分类功能，将在线消费的消费者的个人信息加以收集。当这些信息被经营者扩散时，消费者的个人隐私权就不可避免地遭到侵犯。