建设单位应该在收到承包人预付款支付申请7天内进行核实并签发预付款支付证书：通过数学公式计算预付备料款额度的一种方法，如果合同中有约定应按合同约定比例支付，每次扣款额度和总扣款次数根据合同约定执行、预付款的扣回：

1、按年度工程量的一定比例确定预付备料款额度的一种方法，也可针对工程实际情况具体处理。具有专款专用的性质、建筑法规规定了预付款的支付和扣回的相关规定，一般为合同价款（不含其他项目费）的10％、建设单位和施工单位可以通过洽商用合同形式予以确定，一般规定在工程开工前7天内支付、预付款的支付。

2、预付款不得用于与本合同工程无关的事项、材料储备定额天数和年度施工天数等因素、由各地区各部门根据各自的条件从实际出发、按建设工程主要材料占工程造价总额（不含其他项目费）的比重确定预付备料款的起扣点，建设单位应在签发预付款支付证书后7天内支付预付款、工程预付款的比例不得高于合同价款（不含其他项目费）的30％。

一、工程预付款比例是多少

在合同拟定时，预付款条款一般要注意三个问题：

1、预付款的额度，比如按合同价的10％左右计；

2、预付款的支付时间与方式，比如在合同签订后30日内支付预付款的50％，在承包人主要人员及主要机械到位后30日内再支付50％，支付预付款时承包人需提供预付款保函。

3、扣回工程预付款的时间和比例，比如在工程进度款支付至25％到75％之间按工程进度款比例扣回。

这三个方面一般没有强制性的规定，主要由招标单位根据实际情况灵活掌握，但不要对投标人过于苛求。

二、工程预付款的特点

1、预付款的数额没有任何限制；

2、预付款为主合同给付的一部分，当事人关于预付款的约定，具有诺成性，不以实际交付为生效要件；

3、预付款为价款一部之先付，在性质上仍属清偿；

4、预付款无双向或单向担保的效力，当事人不履行合同而致合同解除时，预付款应当返还。各方的违约责任通过合同约定的其他条款来定，如果没有约定违约责任的，一般不承担违约责任。