重庆医疗保险个人账户关联办理流程如下：

一、办理对象：提供个人账户资金给他人使用的参保人

二、办理时间：每月工作日

三、办理流程：

1.使用人填写《重庆市城镇职工医疗保险个人账户资金关联使用申请表，附本人身份证、社保卡复印件各一份交提供人。

2.提供人带上申请表、双方身份证原件、双方身份证复印件各一份，双方社保卡复印件各一份，到参保地医保经办机构办理。

3.医保经办机构受理申请表，审核相关资料后办理账户关联手续，打印《重庆市城镇职工医疗保险个人账户资金关联使用确认表(一式两份)，交提供人。

4.提供人在《确认表上签字确认并加盖手印，医保经办机构留存。

5.医保经办机构办理提供人与使用人账户关联，将确认表加盖业务经办章返还一份给提供人。