应当赔偿。受害人已经发生的医疗费用属于受害人的实际损失，则侵权责任人应当赔偿医保统筹基金已支付部分的费用。

受害人发生的医疗费用，无论是否由医保基金支付，均属于其因侵权责任事故产生的实际损失，受害人按照国家规定参加医保并享有相应的待遇和保障并非减轻或免除侵权人赔偿责任的法定事由，不应从应赔偿的医疗费中扣减医保统筹基金已支付部分的费用。

法院是否应当追加社保机构参加诉讼

根据《民事诉讼法》第一百二十三条的规定，“必须共同进行诉讼的当事人没有参加诉讼的，人民法院应当通知其参加诉讼”，只有在构成必要共同诉讼的时候，法院才应当依职权追加参加诉讼。必要共同诉讼是指当事人一方或双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，其特点在于共同诉讼的一方当事人对诉讼的标的有不可分的共同的权利或义务。社保机构和受害人对于侵权责任人的权利义务关系显然是可分的，社保机构可以单独提出诉讼，受害人也可单独提出诉讼，社保机构与受害人之间的关系也很明确，就是医保统筹基金已支付部分的费用，该费用金额具体明确，因此社保机构不属于法院依职权应当追加参加诉讼的主体。

相关法条

《中华人民共和国民法典》第一千一百八十二条【侵害人身权益造成财产损失的赔偿数额的确定】侵害他人人身权益造成财产损失的，按照被侵权人因此受到的损失或者侵权人因此获得的利益赔偿;被侵权人因此受到的损失以及侵权人因此获得的利益难以确定，被侵权人和侵权人就赔偿数额协商不一致，向人民法院提起诉讼的，由人民法院根据实际情况确定赔偿数额。