检察机关做好职务犯罪侦查工作的方式：检察机关做好职务犯罪侦查工作要提高认识，强化依法执法观念；加强能力培养，不断提升规范执法的水平；正确认识和处理检察机关职务犯罪侦查与律师辩护权行使之间的关系；配合公安机关与法院的工作。

由检察机关直接立案侦查的16个罪名

由检察机关直接立案侦查的14个罪名根据我国《刑事诉讼法》的规定包括有：非法拘禁罪；非法搜查罪；刑讯逼供罪；暴力取证罪；虐待被监管人罪；滥用职权罪；玩忽职守罪；徇私枉法罪；民事、行政枉法裁判罪；执行判决、裁定失职罪；执行判决、裁定滥用职权罪；私放在押人员罪；失职致使在押人员脱逃罪等。

《刑事诉讼法》第十九条

刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。

人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。