一、增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。

二、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。

因此，企业支付购货方采购合同违约金如果取得防伪税控系统开具的增值税专用发票，须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，并在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。

增值税一般纳税人当期应纳税额的多少，取决于当期销项税额和当期进项税额这两个因素。

纳税人销售货物或者提供应税劳务(以下简称销售货物或者应税劳务)，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式为：

应纳税额=当期销项税额-当期进项税额

当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。

销顶税额的计算

纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和适用税率计算并向购买方收取的增值税额为销项税额。销项税额计算公式为：

销项税额=销售额x税率

对于一般纳税人来讲，在没有抵扣其进项税额前，销售方收取的销项税额还不是其应纳增值税税额，销项税额的计算取决于销售额和适用税率两个因素。增值税是价外税，公式中的“销售额”必须是不包括收取的销项税额的销售额。

买价，包括纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按规定缴纳的烟叶税。

1.一般销售方式下的销售额

销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。

销售额应以人民币计算。纳税人以人民币以外的货币结算销售额的，应当折合成人民币计算。纳税人销售货物或者应税劳务的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其销售额。

价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。但下列项目不包括在内：

(1)受托加工应征消费税的消费品所代收代缴的消费税;

(2)同时符合以下条件的代垫运费：承运部门的运输费用发票开具给购买方的;纳税人将该项发票转交给购货方的。

(3)同时符合以下条件代为收取的政府性基金或者行政事业性收费：由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费;收取时开具省级以上财政部门印制的财政票据;所收款项全额上缴财政。

(4)销售货物的同时代办保险等而向购买方收取的保险费，以及向购买方收取的代购买方缴纳的车辆购置税、车辆牌照费。

运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用(包括铁路临管线及铁路专线运输费用)、建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费。

合同违约金用进项税，在一定的条件下是可以抵扣的。只不过这需要经过当事人的同意，并且需要有着相关的发票，才能使用进项税来抵扣合同的违约金。对于有关税费的扣除，还需要符合时间的期限，对规定期限的税费进项抵扣。