一、如何处理宅基地上的房屋转让问题

遇到宅基地转让纠纷双方当事人可以通过协商处理，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁；当事人对处理决定不服的，可以在接到处理决定后30日内直接向人民法院起诉。

《土地管理法》第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

二、宅基地上房屋所有权归什么

宅基地上的房屋所有权属于宅基地使用权人，但是土地归集体所有。根据土地法的相关规定，城市的土地归政府部门所有，而农村和郊外的土地，除了归政府部门所有以外，还归村民集体所有，比如说宅基地、自留山，都是属于集体所有。宅基地是村民的，同时这种还能够满足个人居住问题，村民只要有了这个宅基地，得到了相关部门的认可后，就不能以别的手段或者不通过政府部门批准就占用了基地。如果是用了耕地用建房的，会被要求立马拆除。

三、宅基地的房屋能否继承

《中华人民共和国土地管理法》（2019修正）：第二章　房地产开发用地 第一节　土地使用权出让　　第十四条　土地使用权出让最高年限由国务院规定。