两个孩子的抚养权由孩子自己协商确定，如果无法协商的，则法院根据综合考虑孩子现在的生活状态、夫妻双方的工作收入及道德方面等因素，按照有利于子女健康成长的原则来判决孩子抚养权归属。对于有两个孩子的这种情况，法院可能会判决一方抚养一个孩子。如果两个孩子都不满两周岁的，则法院可能会判决两个孩子都由女方来抚养。

一、单方面起诉离婚两个孩子怎么分配

单方面起诉离婚的两个孩子抚养权的分配根据具体情况而定。一般两周岁以下的孩子由女方直接抚养，两周岁以上的以最有利于未成年子女的原则判决。子女在八周岁以上的，法院会听取孩子的想法和意见。双方可以协商确定抚养权归属，协商不成的由法院进行判决。如果一方有不利于孩子成长的情形，则不利于争取到孩子抚养权。

二、如果一方提出离婚一方又有两个孩子怎么判

离婚时有两个孩子的，法庭会根据不同情况作出不同的判决：

1、夫妻双方就孩子抚养协商一致，按照双方当事人的意思出具判决书;

2、如果双方不能协商一致，法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决;

3。判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄，性别等因素进行判决，通常情况下，两周岁以内的子女原则上女方抚养，两周岁到十周岁之间的子女法院会按照有利子女成长的原则判决，十周岁以上的子女可以征求孩子意见。在处理孩子的抚养权时，夫妻双方最好是通过友好协商达成一致，以免造成家庭矛盾的再次升级，对孩子造成不好的影响。