应当由法院判决后才能申请执行。经过司法确认的调解协议可以在履行期限到期两年内申请强制执行。根据《民事诉讼法》第一百九十四条：申请司法确认调解协议，由双方当事人依照人民调解法等法律，自调解协议生效之日起三十日内，共同向调解组织所在地基层人民法院提出。

此外，对未经过司法确认的调解协议不能直接申请执行，需要到法院申请对方继续履行该协议，判决后才能申请执行。根据《民事诉讼法》第一百九十五条人民法院受理申请后，经审查，符合法律规定的，裁定调解协议有效，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行；不符合法律规定的，裁定驳回申请。