应当由法院判决后才能申请执行。经过司法确认的调解协议可以在履行期限到期两年内申请强制执行。根据《民事诉讼法》第一百九十四条:申请司法确认调解协议,由双方当事人依照人民调解法等法律,自调解协议生效之日起三十日内,共同向调解组织所在地基层人民法院提出。
此外,对未经过司法确认的调解协议不能直接申请执行,需要到法院申请对方继续履行该协议,判决后才能申请执行。根据《民事诉讼法》第一百九十五条人民法院受理申请后,经审查,符合法律规定的,裁定调解协议有效,一方当事人拒绝履行或者未全部履行的,对方当事人可以向人民法院申请执行;不符合法律规定的,裁定驳回申请。
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