农村房屋房产证和确权证的区别是：

1．房产证是指在农村地区的房屋所有权证书，用于证明房屋的所有权归属。持有房产证的农村居民可以合法享有房屋的所有权，包括对房屋的买卖、转让和继承等权利。

2．确权证是指在农村地区的土地确权证书，用于证明农户对土地使用权的合法确权。持有确权证的农村居民可以证明其合法的土地使用权，包括承包经营土地的权益，但不包括房屋的所有权。

《中华人民共和国民法典》第二百零九条

不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。

依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。