1、与玩忽职守罪的区别。主观上的故意或者过失是区别徇私舞弊不征、少征税款罪和玩忽职守罪的标志。税务人员在税收工作中严重不负责任，不征或者少征税款，致使国家税收遭受重大损失的，对责任人员应追究玩忽职守罪。

2、与滥用职权罪的区别。主体是否是税务人员是区别徇私舞弊不征、少征税款罪与滥用职权罪的标志。非税务人员超越职权，擅自作出减免税决定，造成不征或者少征税款的，应该追究责任人员滥用职权罪的法律责任。

3、与徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪的区别。从客观行为上，税务人员发售的发票是造成不征或者少征税款的，构成徇私舞弊不征、少征税款罪;如果发售的发票虚开用以抵扣税款或者出口退税，则应定为徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪。

4、税务人员与纳税人相互勾结造成偷税的，是偷税罪的共同犯罪，应按偷税罪追究刑事责任。