一、管辖权异议的审查机关

首先，对刑事诉讼审判管辖权异议进行审查的机关应该是正在进行审理法院的上一级法院。这是因为必须吸取我国现行的民事、行政诉讼法中对管辖权异议审查机关规定的教训：现行民事、行政诉讼法中对管辖权异议审查机关是正在进行审判的法院。上述规定在诉讼实践中存在严重的缺陷：正在进行审判的法院由于利益驱动、地方保护主义以及其他原因，往往会找种种借口驳回申请人的请求，而申请人此时往往又会上诉，二审法院又要进行审理。这样会使当事人对法院产生严重的对立情绪，有损法院的公正形象，而且使诉讼时间人为的不合理延长，不利于诉讼效率的提高。实际上，有些国家也采取了类似做法，例如日本刑事诉讼法典第17条规定，管辖权异议“应当向直属上级法院提出转移管辖的请求。”德国刑事诉讼法典第四条第二款、第十三条第二款规定对管辖权异议“由共同的上级法院负责裁定。”因此将审判管辖权异议的审查机关赋予正在进行审理法院的上一级法院可以解决以上存在的问题，有利于诉讼的顺利、及时进行。

其次，对刑事诉讼职能管辖权异议进行审查的机关，如果管辖权异议不涉及到法院，应该是侦查机关的同级法院。原因如下：一是由于公安机关、人民检察院的上下级之间是一种领导关系，在其系统内处理与之有关的管辖权异议问题，无法彻底解决这个问题，无法得到当事人的充分信任;二是司法作为保护公民权利的最后屏障，由法院处理当事人与公安机关、人民检察院的管辖权分歧也是理所当然的，也是司法审查的应有之意;如果管辖权异议涉及到法院，则审查的机关是所涉法院的上一级法院，其理由前面已经阐述。

二、申请管辖权异议的方式