在应诉过程中，被告税务机关应作的工作主要包括：

(1)做好应诉准备。首先对原告的起诉进行审查，如有异议，应及时书面提请法院依法处理;其次要指定诉讼代理人，向法院提交授权委托书;再次，按规定期限和要求向法院提交答辩状，必要时可申请证据保全，提交申请书;最后，发现税务机关的具体行政行为确有错误，应及时变更或撤销，并书面通知人民法院，还要做好法庭调查和法庭辩论的准备。

(2)出庭应诉。被告税务机关应按时出庭，有特殊情况不能按时出庭，应向人民法院申请延期开庭。在案件审理过程中，要遵守法庭纪律，充分行使陈述事实，向有关参加人提问、核对笔录等权利，根据实际情况，申请有关人员的回避。税务机关对人民法院一审判决或裁定不服的，应在法定期限内书面提交上诉状;对人民法院已经发生法律效力的判决或裁定，税务机关必须认真履行，认为确有错误的，可以向原审人民法院或上级人民法院提出申诉，但判决或裁定不停止执行;原告拒不执行已经发生法律效力的判决或裁定，税务机关可以依法向一审人民法院申请强制执行或依法强制执行。