公积金贷款还清，房屋他项权证件归当地房产管理部门持有。根据我国相关法律规定，以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原房屋所有权证上作他项权利记载后，由抵押人收执，并向抵押权人颁发房屋他项权证。第一款抵押合同发生变更或者抵押关系终止时，抵押当事人应当在变更或者终止之日起15日内，到原登记机关办理变更或者注销抵押登记。

贷款还清后如何拿房产证

贷款还清拿房产证流程：

1、带着购房合同和贷款合同以及贷款的还款记录，到还款银行开具贷款已经还清的证明；

2、带着银行开具的证明、原来的产权证、房屋他项权利证书、购房合同、贷款合同、产权人的身份证、户口本等资料，到房产交易部门办理换证业务；

3、一般情况下7个工作日左右就能拿到新的房产证了。

有下列情形之一的，当事人可以持不动产登记证明、抵押权消灭的材料等必要材料，申请抵押权注销登记：

（一）主债权消灭；

（二）抵押权已经实现；

（三）抵押权人放弃抵押权；

（四）法律、行政法规规定抵押权消灭的其他情形。

《城市房地产抵押管理办法》第三十四条以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。

《城市房地产抵押管理办法》第三十五条抵押合同发生变更或者抵押关系终止时，抵押当事人应当在变更或者终止之日起15日内，到原登记机关办理变更或者注销抵押登记。