企业拆迁补偿协议的印花税一般不需要缴纳。印花税是以经济活动中签立的各种合同、产权转移书据、营业帐簿、权利许可证照等应税凭证文件为对象所征的税，企业拆迁补偿协议暂不属于印花税的征收范围。

一、印花税零申报账务处理

印花税是行为税，有发生行为就需要缴纳，没有发生的不需要申报。印花税不需要作零申报，按照实缴制。

1、如果平常没有发生印花税应税项目，企业印花税每月不做申报，在年底时只做一次全年申报即可。

2、印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。因采用在应税凭证上粘贴印花税票作为完税的标志而得名。印花税的纳税人包括在中国境内书立、领受规定的经济凭证的企业、行政单位、事业单位、军事单位、社会团体、其他单位、个体工商户和其他个人。

3、凡印花税纳税申报单位均应按季进行申报，于每季度终了后10日内向所在地地方税务局报送'印花税纳税申报表'或'监督代售报告表'。

二、办房产证费用

1、居民住宅每套80元，如有共有有权证增收工本费10元/本。2、印花税：印花税：分为“产权转移书据”印花税和“权利、许可证照”印花税。“产权转移书据”税目税率为万分之五，计税依据为书据中所载的金额，买卖双方均要交纳：“权利、许可证照”税目适用5元/件的定额税率，买方交纳。3、契税：由购房人交纳。购买一套房，若面积低于90平米，契税按房款的1%征收，超过90平米按房款的1.5%征收，购买二套房契税按房款3%征收;住宅登记费每套80元。