农村房屋证丢失后的办理流程是：

房屋产权人持本人有效身份证件到房屋档案馆填写补证申请及保证书，复印档案中的房屋图纸文件，并由档案馆开具房屋权属查询证明。在报纸上刊登遗失声明后到房管局申请办理补证，等待出。

《不动产登记暂行条例》第二十一条

登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。

《不动产登记暂行条例》第二十七条

权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。有关国家机关可以依照法律、行政法规的规定查询、复制与调查处理事项有关的不动产登记资料。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十条

国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。