补办房屋租赁备案证的程序如下：

1、房屋租赁双方或接受书面委托的另一方向区，县房地产管理局提出申请；

2、申请人提交材料齐全的，当场受理，并出具申请受理通知书；

3、审查申请人提交的材料。材料齐全符合条件的，应当在《房屋租赁合同》或者《房屋转租合同》上加盖房屋租赁登记备案专用章，并出具《租赁登记备案证明》。不符合条件的，说明理由，书面告知纠正事项。

南京房屋租赁备案证明怎么办理

1、租赁双方当事人提交租赁合同或到村居流管服务站填写《房屋租赁合同》，工作人员审核提交资料是否齐全；

2、工作人员上门检查该房屋是否符合出租条件，根据实际情况录入租赁系统，打印《租赁备案证明》，给予登记备案或注记备案，并加盖公章。

《中华人民共和国民法典》第七百零三条租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。