两次闯红灯扣12分不能分开处理。对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，处罚与记分同时执行。机动车驾驶人一次有两个以上违法行为记分的，应当分别计算，累加分值，如果机动车驾驶人对道路交通安全违法行为处罚不服，申请行政复议或者提起行政诉讼后，经依法裁决变更或者撤销原处罚决定的，相应记分分值予以变更或者撤销。

两次闯红灯扣12分还能开车吗

不能。扣完12分继续开车会处罚。机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。驾驶资格暂时停止，这时驾驶车辆的话，被交警部门查核属实，相当于无证驾驶；将扣留其车辆，并按无证驾驶的相关法律条款进行处罚。扣满12分要进行学习和考试。

《机动车驾驶证申领和使用规定》

第58条

机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。

《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十一条公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，除依法给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分制度，记分周期为12个月，满分为12分。

机动车驾驶人在一个记分周期内记分达到12分的，应当按规定参加学习、考试。

《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十二条机动车驾驶人在机动车驾驶证的六年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发十年有效期的机动车驾驶证；在机动车驾驶证的十年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发长期有效的机动车驾驶证。