保证人替债务人清偿了已过诉讼时效的债务，不能再向债务人追偿。根据法律规定，保证人享有主债务人的诉讼时效抗辩权，即保证人可以以该债务已过诉讼时效为由拒绝清偿债务。但是如果保证人在可以主张该抗辩权而没有主张时，向债权人清偿了债务，那么保证人就不能再向债务人追偿。

《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第二十一条主债务诉讼时效期间届满，保证人享有主债务人的诉讼时效抗辩权。

保证人未主张前述诉讼时效抗辩权，承担保证责任后向主债务人行使追偿权的，人民法院不予支持，但主债务人同意给付的情形除外。