灵活就业人员医保断交三个月不会清零。只是无法享受医保待遇。医保断缴下个月就不能享受医保保障了，断缴三个月后再续缴的话，会有一个等待期，而且缴费年限会重新计算，但是个人账户里面的钱是不会清零的。医保断缴三个月医疗保险的缴纳年限清零，而不是个人账户清零，因为医保的报销是根据连续缴费年限来算的，连续缴费年限越长，报销的越多。

灵活就业人员医保2021年缴费标准

个体工商户和灵活就业人员缴纳基本养老保险费，可在个人缴费基数上下限范围内选择适当的缴费基数；对2020年自愿暂缓缴费的，可于2021年底前进行补缴，缴费基数在2021年个人缴费基数上下限范围内自主选择。即月缴费基数在3235元至16176元之间，由缴费人员根据收入状况自主选择申报。

《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。