1、所适用的管理办法不同。

集体土地的土地征收适用的是土地管理法征收集体土地的办法，具体标准由各省政府制定的征地统一年产值标准和征地区片综合地价执行。

国有土地的土地征收适用国有土地上房屋征收与补偿条例，对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。

2、付出的成本不同。

集体土地使用权是村民自治组织内部成员就可获得，而获得国有土地使用权证需缴纳土地出让金向国家购买使用权才能获得。

3、所存在的极差地租不同。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第2条明确规定，只针对“征收国有土地上单位、个人的房屋”，给予公平补偿。因此，集体土地上的房屋征收不适用该条例的规定。

根据《土地管理法》第47条的规定：“被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。”征收时集体土地上的房屋是作为地上附着物进行补偿的，具体标准由省、自治区、直辖市规定。

农村房屋拆迁补偿费包括以下几种：

(1)房屋补偿费(房屋重置费)

补偿被拆迁房屋所有权人的损失，以被拆迁房屋的结构和折旧程度划档，按平方米单价计算。

(2)周转补偿费

用于补偿被拆迁房屋住户临时居住房或自找临时住处的不便，以临时居住条件划档，按被拆迁房屋住户的人口每月予以补贴。

(3)奖励性补偿费

用于鼓励被拆迁房屋住户积极协助房屋拆迁或主动放弃一些权利如自愿迁往郊区或不要求拆迁单位安置住房，房屋拆迁补偿费的各项标准由当地人民政府根据本地的实际情况和国家有关法律政策加以确定。

农村集体土地使用证和国有土地使用证区别在法律上会有明确制定，有关的当事人需要积极的了解，只要自己按照有关的条例就可以积极的处置，但是在生活中会忽视其中的法律细节，造成解决方式中存在不小的问题，因此，有关的当事人需要做好准备。